A Diretoria da Federação Nacional das Entidades dos Servidores dos Tribunais de Contas do Brasil – FENASTC, por determinação de seu Estatuto Social, adota uma estrutura com cinco cargos: Presidente, Vice-Presidente, Diretor Administrativo, Diretor de Articulação e Formação Sindical e Diretor de Relações Públicas. Se agregam os Vice-Presidentes das Regiões Brasileiras (definidas pelo IBGE) Norte, Nordeste, Centro-Oeste, Sudeste e Sul.

Investindo na descentralização administrativa e na integração do país a entidade possui, também, um Conselho de Representantes, com cinco cargos.

O modelo de gestão adotado tem privilegiado a forma colegiada, com discussão e deliberação prévia por todos os integrantes da Diretoria, garantindo-se a mais ampla democratização na tomada de decisões.

Constantemente são consultados os representantes das entidades filiadas, numa ação transparente e de amplitude de participação, principalmente por meio de comunicados eletrônicos.

As Assembleias Gerais – de característica Congressual – e os Encontros Técnicos, ambos realizados anualmente, completam os mecanismos de deliberação.

Como obrigação legal, decorrente do Código Civil Brasileiro, a entidade também dispõe de um Conselho Fiscal, responsável pela apreciação das contas da FENASTC.